いよいよ明日から長期休暇。マオはリーリエに、旅立つ前にシロン（アローラロコン）のために用意したポケモンメニューのレシピを明日家まで取りに来てほしいと頼む。リーリエには内緒で何やら作戦を立てているようで…？その日の夕暮れ、サトシはロトムに、アローラを離れることをみんなにいつ話すのか尋ねられる。明日必ず話すと語るサトシ。そこへ、突然ロケット団のミミッキュがピカチュウに襲い掛かってくる。

いつもと変わらないポケモンスクール。マギアナがようやく目覚めたことを知って大喜びのサトシたちにリーリエは、母・ルザミーネと兄・グラジオと共に行方不明の父・モーンを探す旅に出ることを告げる。マギアナが指し示す光の先に父がいると信じて、父が見つかるまではアローラに戻らないことを決心したのだ。一方のロケット団にも、サカキから本部への帰還命令が下され、ミミッキュとヒドイデたちとの別れの時が近づいていた。

ピカチュウに海の上に吹き飛ばされたミミッキュは、海に映った自分の姿を見て気絶してしまったようだ。独りキテルグマの住処へ戻るミミッキュだったが、心配して探しに来たニャースに励まされ元気を取り戻す。一方、サトシたちも家に帰ろうとしたその時、突然ソルガレオが現れ…!?その夜、キテルグマは別れの挨拶を告げに来たムサシたちを優しく抱きしめる。そしてニャース気球ごとムサシたちを帰還先のカントーまで力強く投げ飛ばしたのだった。

リーリエの旅立ちの日。サトシはグラジオと再びバトルをしようと約束を交わし、旅立っていくリーリエから、出会えたことへのありったけの感謝を伝えられる。そして、サトシもククイ博士とバーネット博士に見送られ、カントー行きの飛行機へ。飛び立つ飛行機からアローラへ別れを告げるサトシ…しかしその目に飛び込んできたのは、サトシを見送りに来たマオたちの姿だった！ずっと一緒に過ごしてきた仲間たちからのとっておきのアローラサプライズに涙を流しながら、サトシは新たな冒険へ旅立っていった。

約束通りアイナ食堂へやってきたリーリエをサプライズパーティで出迎えたマオたち。時間になっても来ないサトシとピカチュウを心配していると、突然外から大きな咆哮が。驚いて外へ飛び出すと、そこにはソルガレオに乗ったサトシの姿があった。サトシはマオたちにソルガレオとウルトラホールの向こうへ行ったこと、そこで起こった大冒険の数々を語る。ロトムは宇宙一のポケモン図鑑を作るため、エーテルパラダイスで働くことに。そして、サトシはポケモンマスターになるためマサラタウンへ帰ることを告げる。